申请破产清算纠纷主要有债权债务纠纷、股权股份纠纷、企业资产纠纷、企业股东出资纠纷、抽逃出资纠纷、追收非正常收入纠纷、破产债权确认纠纷等。企业申请破产清算应当按照法律规定的程序进行清算。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第一百八十五条
清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。
