农村房产证归房屋所在地的登记机关部门管理。
申请人提出书面申请，由登记机关对受理的申请进行权属审核；对可能有争议的申请采用布告、报纸等形式公开征询异议；申请登记进行最后的确认批准，颁发房屋权属证书给房屋权利申请人。
农村办理房产证的流程：
1、提出申请；
2、国土资源管理所进行初审；
3、县审批；
3、国土资源部门进行实地检查；
4、对符合要求的建房户核发集体土地使用证书，村民凭土地使用证及规划许可证申请办理房屋所有权证。法律依据
《中华人民共和国民法典》
第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行规规定。
《土地管理法实施条例》
第三条 国土空间规划应当细化落实国家发展规划提出的国土空间开发保护要求，统筹布局农业、生态、城镇等功能空间，划定落实永久基本农田、生态保护红线和城镇开发边界。
国土空间规划应当包括国土空间开发保护格局和规划用地布局、结构、用途管制要求等内容，明确耕地保有量、建设用地规模、禁止开垦的范围等要求，统筹基础设施和公共设施用地布局，综合利用地上地下空间，合理确定并严格控制新增建设用地规模，提高土地节约集约利用水平，保障土地的可持续利用。
